امام محمد باقر (ع) در 7 ذی الحجه سال 114 هجری قمری و در سن 57 سالگی به شهادت رسیدند. (نوبختی، فرق الشیعة، 1404ق، ص61) البته اختلافاتی در روز و سال شهادت ایشان وجود دارد اما این تاریخ معتبر تر است. بعضی از منابع، شخص هشام بن عبدالملک را عامل شهادت او دانسته اند (کفعمی، المصباح، ص691) و برخی ابراهیم بن ولید را عامل مسمومیت وی معرفی کرده اند. (طبری، دلائل الامامة، ص216) امام محمد باقر (ع) در قبرستان بقیع، کنار مرقد پدرش امام سجاد (ع) و عموی پدرش امام حسن (ع) دفن شده است.(مفید، الارشاد، ج2، ص157 و 158) امام باقر(ع) وصیت کرده بود در لباسی که در آن نماز می خوانده دفن شود (شبراوی، الإتحاف بحب الأشراف، ص287) و ده سال در منا برای وی از مالش مراسم عزاداری بر پا کنند.(شیخ صدوق، من لا یحضره الفقیه، ج‏1، ص182) شهادت امام محمد باقر (ع) بر مسلمین جهان تسلیت باد🖤