تحرک مخالفانش در سپاه و کارشکنی در منطقه تهران، علیه فرماندهی سپاه اظهار ناراحتی شدیدی و درخواست اجازه برخورد خشن‌تر و تنبیه مخالفان را داشت.» درخواست محسن رضایی، ظاهراً پس از آن صورت می‌گیرد که او در باختران تجربه سختی را پشت سر می‌گذارد. در خاطرات ۲۵ آبان هاشمی رفسنجانی آمده: «آقای محسن رفیق‌دوست اطلاع داد امروز در باختران، در جلسه‌ای از طرف بعضی از پاسداران به محسن رضایی فرمانده سپاه پاسداران اعتراض و اهانت شده‌است.» در خاطرات حمید داودآبادی از مورخان جنگ ایران و عراق آمده که در ابتدی جلسه‌ ای در پادگان ابوذر در در پاییز ۶۳، مجری مراسم اسامی عباس کریمی فرمانده وقت لشکر ۲۷ و معاونش محمدرضا دستواره را، به همراه کاظم رستگار فرمانده تیپ ۱۰ و معاونش می‌خواند که قاعدتاً در آن زمان، احمد غلامی بوده. مجری این فرماندهان را صدا می‌کند تا پهلوی محسن رضایی بنشینند، ولی هیچکدام جلو نمی‌آیند. پس از اختلاف‌ها، برخورد محسن رضایی با منتقدان آغاز می‌شود: «از روز بعد، لندکروزهای حفاظت اطلاعات سپاه، در پادگان چرخ می‌زدند و مثل فیلم‌های سیاسی - پلیسی، هر کس را که قبلاً شناسایی کرده بودند -و اکثراً بچه‌های لشکر ۱۰ بودند- دستگیر کرده و با خود می‌بردند. یاد برخورد پاترولهای عباس گنجی با منحرفان افتادبم! همان عباس گنجی که به ریاست کمیته منصوب شد و بعد منکر امام زمان شد! محسن رضایی دستور داد عکس منتطری در تمام دفاتر نصب شود ولی به دستور زرمخی مسئول تبلیغات، عکس‌های منتظری از اتاقها پایین کشیده شد… هر اتاقی عکس منتظری نداشت مسول اتاق دستگیر میشد! این کودتای اول محسن رضایی موجب ضعف در سپاه اسلام شد. [به گفته یکی از نیروهای اطلاعات و عملیات] دیشب، در ساختمان فرماندهی لشکر سیدالشهدا، ۶ ساعت جلسه بین محسن رضایی و مخالفین او بوده که کاظم رستگار جلوی محسن ایستاده و گفته که چرا نیروهای مجاهدین انقلاب را به کار می‌گیری و محسن هم همان‌جا جلوی همه گفته که تو منافق هستی و من می‌دهم به جرم نفاق دادگاهیت کنند.» کاظم رستگار فرمانده تیپ ۱۰ برکنار شد ولی بعنوان بسیجی ساده راهش را ادامه داد و در عملیات بعدی به عنوان تک تیرانداز ساده کشته شد. *اختلاف با صیاد شیرازی* در سال ۱۳۶۴ و بعد از عملیات قادر صیاد شیرازی ناکامی ارتش در این عملیات را ناشی از عدم همکاری سپاه دانست و این موضوع اختلافات پیش آمده بین رضایی فرمانده سپاه و صیاد شیرازی فرمانده نیروی زمینی تا بدانجا رسید که رضایی در دیدار با روح‌الله خمینی درخواست کرد به او درجه امیری ارتش داده تا بتواند از امکانات ارتش برای سپاه و جنگ استفاده کند. به گفته رئیس اداره دوم ارتش در دهه ۶۰ سرهنگ محمدمهدی کتیبه محسن رضایی باعث کنارگذاشتن صیاد شیرازی از فرماندهی نیروی زمینی ارتش بود *کربلای ۴ و ۵* یکی از چالش‌های مدیریتی محسن رضایی در دوران فرماندهی کربلای ۴ و ۵ بود. هنگامی که عملیات شروع شد، نیروها بعد از گذشت چند ساعت با مشکل عجیبی روبرو شدند؛ در منطقه شلمچه جبهه باز شد ولی در منطقه خرمشهر و آبادان دشمن مقاومت عجیبی می‌کرد. محسن رضایی تصمیم می‌گیرد باقی نیروها از شلمچه ادامه تک بدهند ولی اکثر لشگرها در خرمشهر و آبادان بودند و برای انتقال به شلمچه و توجیه شدن و آمادگی پیدا کردن چند روز وقت می‌خواستند و از طرف دیگر دشمن در کل منطقه هوشیار شده و او هم نیروهایش را روبروی نیروهای ایرانی می‌آورد؛ بنابراین از نزدیکی صبح به نیروها دستور داده شد که عملیات را متوقف کنند و به عقب برگردند و نیروها تقریباً تا قبل از ظهر به عقب برگشتند *و ۱۲ روز بعد در اوج امادگی دشمن بلافاصله عملیات کربلای ۵ را در شلمچه اجرا کردند !!* که منجر به آزادسازی فقط ۱۵۰ کیلومتر از اراضی ایران شد ولی تلفاتش از ام الرصاص خیلی بیشتر بود. *چالش‌های سیاسی در فرماندهی جنگ و بی سرپرست گذاشتن سپاه وسط جنگ:* در پی اعلام تعلیق فعالیت حزب جمهوری اسلامی و زایش دو جناح چپ و راست در جمهوری اسلامی اختلافات سیاسی در حاکمیت بویژه بین رئیس‌جمهور و نخست‌وزیر افزایش یافت و دامنه این اختلافات به جبهه‌های جنگ و سطوح فرماندهی سرایت کرد. *محسن رضایی در ۹ اردیبهشت ۱۳۶۶ در نامه‌ای به احمد خمینی با ذکر دلایلی* چون امکانات کم و پشتیبانی ضعیف و پیش‌بینی اینکه نیروهای ایرانی بدون رفع این مشکلات تلفات سنگینی خواهند داد از مقام فرماندهی کل سپاه استعفا داد و موجب تضعیف روحیه بسیجیان شد. *این استعفا مشابه استعفای میرحسین که با هدف سقوط دولت انجام شد ارزیابی شده است که هدفش تضعیف و حتی سقوط جمهوری اسلامی بود* آقای رضایی در استعفانامه خود نوشت که «علیرغم مقاومت‌های زیاد در مقابل مشکلات و نارسایی‌های میدان نبرد (که عمدتاً ناشی از افراد و عوامل داخلی جامعه و مسئولین کشور بوده‌اند)، مجبور به استعفا شده‌است» امام با این استعفای خائنانه مخالفت کرد و او تا سال ۱۳۷۶ در فرماندهی کل سپاه باقی