آیت الله سید محمدباقر صدر در اغلب رشته‌های علوم اسلامی‌ تبحر داشت. وی معتقد بود که باید در دروس حوزه‌های علمیه تحولی پدید آید و طلاب و روحانیون نباید فقط به درس‌های معمول فقه و اصول اکتفا کنند بلکه باید به مسائل علمی، فرهنگی، سیاسی، اجتماعی و اقتصادی جدید آشنا شوند. به نظر وی کتاب‌های درسی موسوم در حوزه‌ها به ویژه در مبحث فقه و اصول، پیچیده و ناهماهنگ با شرایط روز بوده و به شیوه قدیمی‌است. در این کتاب‌ها مسائلی مطرح شده که امروزه به کلی منسوخ و متروک شده است و در این زمینه دست به تألیفاتی زد و بدین‌وسیله توانست تحول عظیمی‌ در حوزه‌های علمیه به وجود آورد. شهید صدر درخواست‌های صدام حسین برای همکاری با رژیم بعث را قاطعانه رد کرد[و در واکنش به الزامی‌کردن عضویت در حزب بعث از سوی دولت عراق، با صدور فتوایی، پیوستن به آن را تحریم کرد. با این فتوا افراد زیادی از پیوستن به این حزب پرهیز کردند. رژیم بعث عراق، در تاریخ 16 فروردین 1359، آیت الله سیدمحمدباقر صدر و خواهرش بنت الهدی را دستگیر و به بغداد برد. رئیس سازمان امنیت کشور عراق، آیت الله صدر را به مرگ تهدید کرد و از ایشان خواست که چند کلمه برضد انقلاب اسلامی ایران بنویسد تا از مرگ نجات یابد. اما آیت الله صدر مخالفت کرد و گفت: «من آماده شهادتم.» آن گاه این خواهر و برادر مجاهد و عالم را به شکنجه‌گاه بردند و به شهادت رساندند. سرانجام در تاریخ 19 فروردین 1359، در نیمه های شب جنازه آن دو شهید را به خانواده‌شان تحویل دادند.