محمد بروجردی برای مدتی کوتاه مسئول زندان اوین بود. او یکی از ۱۲ نفر عضو هیئت مؤسس سپاه پاسداران انقلاب اسلامی بود و در پایه‌گذاری این نهاد شرکت داشت. با فرمان روح‌الله خمینی مبنی بر سرکوب ناآرامی‌های کردستان، بروجردی در مرداد ۱۳۵۸ به عنوان یکی از فرماندهان ارشد سپاه پاسداران، به پاوه رفت. در کردستان سازمانی تحت عنوان پیشمرگان کرد مسلمان، توسط بروجردی تشکیل گردید.[۵] پس از راه‌اندازی سازمان پیشمرگان کرد مسلمان و با حمایت‌های سید محمد بهشتی و اکبر هاشمی رفسنجانی، به فرماندهی این تشکیلات منصوب شد. محمد ابراهیم همت و احمد متوسلیان از فرماندهان ارشد سپاه پاسداران، به‌طور مستقیم توسط وی آموزش دیدند و معرفی شدند.