در جریان عملیات خیبر، همچنان که نیروهای ایرانی در برابر ارتش عراق مقاومت می‌کردند هنگامی که همت برای بررسی وضعیت جبهه جلو رفته بود بر اثر اصابت گلولهٔ توپ در نزدیکی‌اش همراه با سید حمید میرافضلی، در غروب ۱۷ اسفند ۱۳۶۲ در محل تقاطع جاده‌های جزایر مجنون شمالی و جنوبی بر اثر اصابت گلوله توپ سر از بدن جداشده و کشته شد.[۹]
ابراهیم همت در جریان عملیات خیبر به همرزمانش گفته بود:
باید مقاومت کرده و مانع از بازپس‍گیری مناطق تصرف شده، توسط دشمن شد. یا همه این‍جا شهید می‌شویم یا جزیره مجنون را نگه می‌داریم.[۳]
محسن رضایی در مصاحبه‌ای گفته‌است:
اولین باری که در جنگ به کسی عنوان «سید الشهدا» دادند، در همین خیبر و برای حاج همت بود.»