چراغی پس از شروع جنگ با تیپ ۲۷ محمد رسول‌الله به جنوب اعزام شد و از اواسط سال ۱۳۶۰ تا اواخر تیرماه ۱۳۶۱ فرماندهی گردان حمزه سیدالشهدا را بر عهده داشت. او با همین مسئولیت در دو عملیات فتح‌المبین و بیت‌المقدس شرکت کرد.
چراغی در تاریخ ۴ مرداد ۱۳۶۱ در بحبوحه عملیات رمضان به سمت قائم مقام فرماندهی تیپ ۲۷ محمد رسول‌الله منصوب شد.
وی همچنین در عملیات مسلم بن عقیل به عنوان فرمانده تیپ ۲۷ محمد رسول‌الله شرکت داشت و در عملیات والفجر مقدماتی پس از این که تیپ ۲۷ به لشکر تبدیل شد، فرماندهی آن را بر عهده گرفت. در عملیات والفجر مقدماتی، به او لقب «شمشیر لشکر» را دادند. رضا چراغی در عملیات والفجر ۱ و در منطقه عمومی فکه کشته شد.