در دوران مرجعیت آقای شیرازی در کربلا، عده‌ای از اعضای حزب‌الدعوه در این شهر، با سکوت و حمایت ضمنی وی، از سوی رژیم بعث عراق اعدام شدند. بسیاری این نکته را، نقطه‌ای سؤال برانگیز در کارنامه وی قلمداد می‌کنند