فاطمه(س) در ماجرای سقیفه ضمن مخالفت با اقدام شورای سقیفه، خلافت ابوبکر را غاصبانه خواند و با او بیعت نکرد. او در جریان مصادره فدک و دفاع از خلافت امام علی(ع) خطبه‌ای خواند که به خطبه فدکیه معروف است. وی اندکی پس از رحلت پیامبر(ص) و در جریان هجوم مأموران ابوبکر به خانه‌اش، آسیب دید، در بستر بیماری افتاد و پس از مدت کوتاهی در ۳ جمادی‌الثانی سال ۱۱ هجری قمری در مدینه به شهادت رسید. پیکر دختر پیامبر(ص) به سفارش خودش شبانه و مخفیانه دفن شد و قبرش هیچ‌گاه مشخص نشد.