فلسفه اصلي مخفي بودن قبر حضرت زهرا سلام‌الله عليها مربوط می‌شود به وقايع و جسارتهايي که در آن زمان به آن بزرگوار وارد شده بود، در اين زمينه نقل شده است که حضرت زهرا(س) زماني كه وقت رحلتشان نزديك شد و در بستر به حالت احتضار بسر مي‌بردند، حضرت علي(ع) بر بالاي بسترشان آمدند و بعد از صحبتهايي كه با همديگر كردند، حضرت فاطمه(س) اجازه خواستند تا چند وصيّت به همسرشان علي(ع) كنند.
از جملة وصاياي حضرت زهرا(س) به علي(ع) اين بود كه فرمودند: اي پسرعمو! اگر تا چند ساعت ديگر از دنيا رفتم جنازه‌ام را شبانه تشييع كن و مراسم تشييع مرا اعم از غسل و كفن و نماز خواندن و دفن كردن بايد در محيطي مخفي و پنهان انجام دهيد و فقط به كساني اجازه در تشييع دهيد كه ظلم و جفا نسبت به من روا نداشته‌اند.
يقيناً حضرت زهرا(س) با اين كارشان مي‌خواستند بار ديگر همانند جريان فدك مبارزه جديدي را با وصيّت‌نامة سياسي خويش شروع كنند كه ضربة سهمگيني به حكومت وقت وارد سازند. (خشاوي، شهين، زندگاني سياسي حضرت زهرا(س)، ص 280)
فاطمة اطهر(س) با وصيّت خويش افكار خفتة مردم مدينه را بيدار ساختند و توجه افكار عمومي را نسبت به پايمال كردن حقّ خويش جلب كردند (عاملي، سيد جعفر مرتضي، رنج‌هاي زهرا(س)، ترجمة محمد سپهري، ص 223)