به شهادت برخی اسناد، در پی بروز اختلافات سید حسن شیرازی با امام موسی صدر، امام خمینی مقلدان خویش را از پرداخت وجوه شرعیه به شیرازی منع کردند. در پی تضادهای روی داده بین آیت‌الله سید محمد شیرازی با حزب بعث عراق، وی در سالیان پایانی دهه 40 ناگزیر از ترک عراق گردید. او درکشور کویت ساکن شد برحسب پاره‌ای اسناد وشواهد، آیت‌الله سید محمد شیرازی پس از استقرار در کویت، برخلاف دوران اقامت در عراق، از هرگونه واکنش منفی نسبت به حکومت محمدرضاپهلوی در ایران امتناع ورزید. او در این دوره حتی، برخی یاران امام خمینی را نیز از ادامه مبارزات برحذر می داشت

در سال 1358 و متعاقبِ استقرار نظام جمهوری اسلامی، آیت‌الله سید محمد شیرازی کویت را ترک کرد و راهی قم گشت 1358، دیدارآیت‌الله سید کاظم شریعتمداری با آیت‌الله سید محمد شیرازی پس از ورود به قم مرگ آیت‌الله سیدکاظم شریعتمداری برای آیت‌الله سید محمد شیرازی فرصتی برای تغییر رویکرد حمایت از نظام بود. او در این دوره، مورد اقبال برخی مقلدان و یاران آقای شریعتمداری قرار گرفت

1359. آیت‌الله سید محمد شیرازی پس از ورود به ایران، درسخنرانیها و گفت‌وگوها، خود را حامی جدی نظام جمهوری اسلامی قلمداد می کرد. تصویر، او را در حاشیه یکی از گفت‌وشنودهای سیاسی نشان می‌دهد

اردیبهشت 1359 آقای سیدحسن شیرازی برادر آیت‌الله سید محمد شیرازی، به هنگام عزیمت به مراسم بزرگداشت شهید آیت‌الله سید محمدباقرصدر در بیروت ترورشد.

آیت‌الله سید محمد شیرازی پس از اقامت در ایران، توقعاتی داشت که نظام حاضر به برآوردن آنها نشد. از جمله این توقعات، ارجاع امور مربوط به عراق به او بود، او در این تصویر، در میان جمعی از معاودین عراقی است.

سید مرتضی شیرازی فرزند آیت‌الله سید محمد شیرازی در کنار پدر. وی به دلیل پاره‌ای اقدامات خلاف قانون و براندازانه دستگیر و پس از آزادی از ایران گریخت.

آیت‌الله سید محمد شیرازی در شب عید فطر 1380شمسی، دچار سکته مغزی شد و یک روز بعد در بیمارستان آیت‌الله گلپایگانی قم درگذشت به شهادت حضار، آقای سید صادق شیرازی برادرِآیت‌الله سید محمد شیرازی، نقش مهمی در رقم زدن حواشی مراسم تشییع او داشت و نماز برپیکر برادر را خواند.

آقای سید صادق شیرازی پس از در گذشت برادر، در خاندان شیرازی،به عنوان مرجع بعدی معرفی شد. این امر موروثی بودن مرجعیت در این تبار را بیش از پیش نشان داد

آیت‌الله سید محمدتقی مدرسی خواهرزاده آیت‌الله سید محمد شیرازی نیز پس از درگذشت وی، اعلام مرجعیت کرد. او به دلیل این اقدام، از سوی خاندان شیرازی بایکوت شد!

آقای سید محمدرضا شیرازی فرزند آیت‌الله سید محمدشیرازی(نفر راست در تصویر) در خردادماه 1387 به‌گونه‌ای غیر‌منتظره درگذشت. او شاخص‌ترین کاندیدا برای جانشینی عمویش آقای سیدصادق شیرازی بود و در مسائل سیاسی نسبت به وی، مواضعی معتدل‌ترداشت.

آقای سید مجتبی شیرازی برادر آقایان سید محمد و سید صادق شیرازی، چندی پس از پیروزی انقلاب اسلامی، راهی انگلستان شد. او ونزدیکانش در سالیان اخیر، نسبت به مراجع شیعه توهین های فراوانی انجام دادند و اقدامات زیادی علیه جمهوری اسلامی ایران انجام دادند.